Формат pdb что это такое
Файлы формата PDB открываются специальными программами. Существует 4 типа форматов PDB, каждый из которых открывается разными программами. Чтобы открыть нужный тип формата, изучите описания файлов и скачайте одну из предложенных программ.
Чем открыть файл в формате PDB
Формат PDB может быть нескольких основных модификаций:
Данный формат может быть присвоен как файлам, содержащим набор структурированных данных, так и обычным программным приложениям, которые прошли процесс синхронизации на базе ОС Palm. По своей сути, расширение PDB – репозиторий, которое может содержать практически любой тип данных: текстовый документ, исполнительную программу, файл базы данных и.т.д. Отличить тип внутреннего формата файла ОС Palm позволяет уникальный заголовок в виде специального кода. В качестве PDB формата могут выступать даже электронные справочники (чаще всего MOBI).
Форматирование PDB расширения поддерживается только на базе “родной” ОС Palm, однако воспроизвести его на платформе другой операционной системы можно с использованием некоторых браузеров, самыми популярными среди которых являются XnView и Palm Desktop. Допускается и сетевая загрузка PDB файла посредством специализированных Интернет-ресурсов.
Основное практическое назначение данного формата – это хранение и обмен данными между пользователем и международным реестром Protein Data Bank.
PDB файлы доступны для визуализации, форматирования и графического наполнения с использованием целого ряда специализированных программных комплексов молекулярного анализа, например, Avogadro или Richardson Lab KiNG.
Программы для открытия PDB файлов
В зависимости от своего практического назначения и конкретной модификации, PDB расширение может быть сгенерировано и открыто для редактирования с использованием следующих программных комплексов:
Для случаев, когда PDB файл представляет собой файл базы данных, ассоциирующийся с платформой Palm OS, можно воспользоваться следующими программными утилитами:
Примечательно, что расширение адаптировано и для использования на платформе Linux c помощью программных приложений txt2pdbdoc и XnView.
Когда PDB файл применяется в качестве “Базы данных протеинов и белков”, могут быть использованы следующие утилиты:
Следует отметить, что расширение может использоваться и на платформе Linux c помощью целого комплекса программных приложений, включая Mozilla Firefox with JmolApplet or Protein Workshop applet, Richardson Lab KiNG, RasMol, Jmol и Avogadro.
Если PDB формат относится к категории файлов Program Database (файлы базы данных), то для редактирования файла в ОС Windows можно использовать программы Intuit Quicken, Microsoft Visual Studio 2010 и Mint.com.
Редактирование PDB файлов поддерживается и на базе ОС Mac с помощью Mint.com и Intuit Quicken Essentials for Mac.
Для случаев, когда PDB расширение ассоциируется с категорией файлов резервной копии базы данных, воспроизвести файл на платформе ОС Windows можно с помощью программного комплекса Sybase PowerDesigner.
Если при открытии расширения PDB возникает ошибка, причины могут заключаться в следующем:
Конвертация PDB в другие форматы
Несмотря на то, что PDB расширение имеет большое число самых разнообразных исполнений и модификаций, его конвертация в другие форматы поддерживается только в ряде случаев, в частности, когда PDB файл представляет собой файл базы данных, ассоциирующийся с платформой Palm OS.
С помощью интегрированных в Richardson Lab KiNG, Jmol и Avogadro конвертеров будет доступна трансляция данных:
Для того чтобы транслировать данные из PDB, можно воспользоваться одним из онлайн-конвертеров, например, Onlineconvertfree.
Во всех остальных случаях преобразование формата не поддерживается. Попытки конвертации расширения в другой формат могут не только не дать никаких практических результатов, но и повредить исходный файл.
Почему именно PDB и в чем его достоинства?
Приходится констатировать, что PDB-расширение не является столь популярным и востребованным форматом среди обычных пользователей. Однако формат может быть востребован в нескольких узкоспециализированных областях.Он широко используется в качестве:
Стандартный формат данных, используемый несколькими различными программами на устройствах PDA на основе Palm. Может хранить различные типы данных, такие как электронные книги, документы обработки текста, крупноформатные таблицы, базы данных, карты и файлы изображений.
Чтобы определить, в какой программы был создан файл PDB, откройте его в текстовом редакторе. Коды Типа и Создателя должны размещаться в заголовке файла вверху документа.
Чем открыть файл в формате PDB (Palm Desktop Database File)
Чем открыть pdb
Название формата Файл базы данных Palm Desktop
Оригинальное название Palm Desktop Database File
Разработчик: Palm
Описание расширения
В таких файлах может храниться различная информация: электронные книги, статьи, базы данных, изображения, карты и т.д.
Формат поддерживает различные написания шрифтов (жирный, курсивный, подчеркнутый, зачеркнутый и др.) и форматирование текста (слева, справа, по центру).
Чем открыть PDB Palm Desktop
Mobipocket Reader
XnView
Calibre
Формат pdb, вариант 2:
Название формата Файл базы данных
Оригинальное название Program Database File
Разработчик: Нет данных
Описание расширения
Такой файл базы данных может использоваться различными приложениями, такими как MS Visual Studio, Pegasus, Quicken, Palm Pilot.
Данные хранятся в структурированном виде. PDB-файлы, как правило, сохраняются в собственном формате, то есть они могут быть открыты только соответствующей программой.
Так, Pegasus не распознает PDB-файл от Microsoft Visual Studio.
Чем открыть PDB Microsoft Visual Studio
Формат pdb, вариант 3:
Название формата Данные молекул белков и нуклеиновых кислот
Оригинальное название Protein Data Bank File
Разработчик: wwPDB
Описание расширения
Файл данных в формате Protein Data Bank (PDB). Содержит 3D-координаты, определяющие структуру атомов внутри белка или другого химического соединения, используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур.
Protein Data Bank — банк данных 3D структур белков и нуклеиновых кислот. Информация, полученная методами рентгеновской кристаллографии или ЯМР-спектроскопии, вносится в базу данных биологами и биохимиками со всего мира, и доступна бесплатно через интернет.
PDB является один из важнейших ресурсов для учёных, работающих в области структурной биологии. Большинство научных журналов и некоторые фонды финансирования исследований требуют от авторов статей и получателей грантов, чтобы все структурные данные были размещены в PDB.
Открыть PDB-файл помогут специализированные программы, например бесплатная программа QuteMol позволяет открывать и просматривать файлы с расширением *.pdb и *.vdb.
Формат pdb, вариант 4:
Название формата Резервная копия базы данных PowerDesigner
Оригинальное название PowerDesigner Database Backup File
Разработчик: Sybase
Описание расширения
Включает в себя как данные из базы данных, так и ссылки на другие файлы. Создается в качестве резервной базы на случай восстановления основной.
В нем сочетаются возможности моделирования UML-объектов с возможностями традиционного проектирования баз данных и анализа.
Не нашли описания?
Напишите. Оно обязательно появится на сайте.
Популярные расширения
Распространенный формат для документов старых версий Microsoft Word
Видео, записанное в формате QuickTime (Apple)
Аудио, кодированное без потери качества. Есть поддержка тегов.
Образ CD или DVD диска, служит для создания копий дисков.
Расширение векторного изображения CorelDRAW.
Популярные программы
Простой и многофункциональный видеопроигрыватель
Пожалуй, лучший бесплатный медиа-проигрыватель
Очень удобная программа-просмотрщик графики с огромным набором функций
Наиболее популярный векторный графический пакет
Самый быстрый и один из лучших иинтернет-браузеров
.pdb Расширение файла
Тип файла1 Program Database
This file is saved in a binary format, which requires a specific program to read its contents.
Что такое PDB файл?
Файлы PDB, используемые различными программами, обычно сохраняются в проприетарном формате, то есть они могут быть открыты только программой, с которой они были установлены. Например, файл Intuit Quicken PDB не распознается Microsoft Visual Studio.
Visual Studio использует файлы PDB для хранения отладочной информации о программе, включая информацию о символах, которая слишком велика для хранения в программе сам. Информация о символе состоит из списка всех символов в программном модуле с адресами, именем файла и линией, в которой был объявлен символ. Вы можете использовать Visual Studio для загрузки информации из файла PDB для отладки программы.
Тип файла2 Protein Data Bank File
This file is saved in a binary format, which requires a specific program to read its contents.
.PDB вариант № 2
Файл данных, созданный в формате банка белков (PDB); хранит 3D-координаты, определяющие структуру атомов в белке или другом химическом соединении; используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур; также используется Исследовательской коллегией для структурной биоинформатики (RCSB) для изучения биологических макромолекул.
Многие файлы банка данных протеина доступны через Всемирный банк данных о белках (wwPDB), организации, которая архивирует макромолекулы и свободно распространяет их.
ПРИМЕЧАНИЕ. Файлы PDB часто просматриваются в пределах Java-апплет, который использует Jmol, пакет визуализации молекул с открытым исходным кодом. Файлы PDB также поддерживаются некоторыми плагинами браузера молекулярного просмотра.
PDB — это не только ценный мех
Представьте себе, вам необходимо доработать некую очень полезную программу без SDK, но по счастливому стечению обстоятельств рядом завалялся PDB файл.
(Беременным и детям не читать!)
Скажу сразу, выход есть (Ваш КО). То что комитет не в состоянии осилить десятками лет (рефлексия не нужна), ужасный M$ разработал/раздобыл 100 лет назад, а именно DIA SDK. В комплекте есть DIA2Dump.exe который порадует глаз любого художника. Остается доработать его напильником…
Для начала нам нужны кошечки.
Автор своими кривыми ручками немного доработал DIA2Dump (pdb-ripper на гитхабе, Achtung г*вн*код. ) и теперь он выдает кое-что пригодное к использованию:
Что тут интересного?
В случае вызова виртуального метода все просто, адрес уже лежит в таблице по индексу метода:
Для невиртуальных методов необходимо извлечь RVA из PDB файла и ткнуть носом компилятор:
Что такое _drva? Мы знаем только RVA (смещение) функции относительно базы, а нужен полноценный виртуальный адрес:
Зачем xcast? Методы в плюсах вызываются по __thiscall и необходимо доступно объяснить компилятору кто тут самый умный. По факту кастуем void* в указатель на метод, this передается скрыто первым параметром:
Далее нужно внедрить наш собственный код в процесс victim.exe используя стандартные техники которые тут обсуждаться не будут. Смысл один — некий код будет выполнен в адресном пространстве victim.exe.
Остается хукнуть удобный метод/функцию где есть доступ к нужным объектам… Или найти глобальные переменные 😀
Как эта фигня используется в реальности:
Далее автор упоролся по хардкору и решил не просто доработать некую очень полезную программу, а отреверсить ее полностью 😀
PDB Расширение файла.
Что такое файл PDB??
Visual Studio использует файлы PDB для хранения отладочной информации о программе, включая информацию о символах, которая слишком велика для хранения в программе. сам. Информация о символах состоит из списка всех символов в программном модуле с адресами, именем файла и строкой, в которой был объявлен символ. Вы можете использовать Visual Studio для загрузки информации из файла PDB для отладки программы.
Тип файла 2 Файл банка данных белка.
Файл данных, созданный в формате Protein Data Bank (PDB); хранит трехмерные координаты, определяющие структуру атомов в белке или другом химическом соединении; используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур; также используется Коллаборацией по исследованию структурной биоинформатики (RCSB) для изучения биологических макромолекул.
Многие файлы банка протеиновых данных доступны через Всемирный банк протеиновых данных (wwPDB), организацию, которая архивирует макромолекулы и свободно их распространяет.
ПРИМЕЧАНИЕ: файлы PDB часто просматриваются в апплете Java, использующем Jmol, пакет визуализации молекул с открытым исходным кодом. Файлы PDB также поддерживаются некоторыми подключаемыми модулями браузера для молекулярного просмотра.
Windows
Avogadro |
Jmol |
RasMol |
Microsoft Internet Explorer with JmolApplet or Protein Workshop applet |
Agile Molecule Abalone |
Agile Molecule Ascalaph |
Mac
Avogadro |
Jmol |
Apple Safari with JmolApplet or Protein Workshop applet |
Linux
Avogadro |
Jmol |
RasMol |
Mozilla Firefox with JmolApplet or Protein Workshop applet |
Тип файла 2 Файл банка данных белка.
Файл данных, созданный в формате Protein Data Bank (PDB); хранит трехмерные координаты, определяющие структуру атомов в белке или другом химическом соединении; используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур; также используется Коллаборацией по исследованию структурной биоинформатики (RCSB) для изучения биологических макромолекул.
Многие файлы банка протеиновых данных доступны через Всемирный банк протеиновых данных (wwPDB), организацию, которая архивирует макромолекулы и свободно их распространяет.
ПРИМЕЧАНИЕ: файлы PDB часто просматриваются в апплете Java, использующем Jmol, пакет визуализации молекул с открытым исходным кодом. Файлы PDB также поддерживаются некоторыми подключаемыми модулями браузера для молекулярного просмотра.
Тип файла 3 Tanida Demo Builder Файл.
Тип файла 2 Файл банка данных белка.
Файл данных, созданный в формате Protein Data Bank (PDB); хранит трехмерные координаты, определяющие структуру атомов в белке или другом химическом соединении; используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур; также используется Коллаборацией по исследованию структурной биоинформатики (RCSB) для изучения биологических макромолекул.
Многие файлы банка протеиновых данных доступны через Всемирный банк протеиновых данных (wwPDB), организацию, которая архивирует макромолекулы и свободно их распространяет.
ПРИМЕЧАНИЕ: файлы PDB часто просматриваются в апплете Java, использующем Jmol, пакет визуализации молекул с открытым исходным кодом. Файлы PDB также поддерживаются некоторыми подключаемыми модулями браузера для молекулярного просмотра.
Тип файла 3 Tanida Demo Builder Файл.
Windows
Palm Desktop |
Fictionwise eReader |
LLUSoft PDB Explorer |
DC & Co iSilo |
XnViewMP |
Mac
Planamesa NeoOffice |
Fictionwise eReader |
Lemkesoft GraphicConverter |
PorDiBle |
txt2pdbdoc |
XnViewMP |
Тип файла 2 Файл банка данных белка.
Файл данных, созданный в формате Protein Data Bank (PDB); хранит трехмерные координаты, определяющие структуру атомов в белке или другом химическом соединении; используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур; также используется Коллаборацией по исследованию структурной биоинформатики (RCSB) для изучения биологических макромолекул.
Многие файлы банка протеиновых данных доступны через Всемирный банк протеиновых данных (wwPDB), организацию, которая архивирует макромолекулы и свободно их распространяет.
ПРИМЕЧАНИЕ: файлы PDB часто просматриваются в апплете Java, использующем Jmol, пакет визуализации молекул с открытым исходным кодом. Файлы PDB также поддерживаются некоторыми подключаемыми модулями браузера для молекулярного просмотра.