Формат pdb что это такое

Файлы формата PDB открываются специальными программами. Существует 4 типа форматов PDB, каждый из которых открывается разными программами. Чтобы открыть нужный тип формата, изучите описания файлов и скачайте одну из предложенных программ.

Чем открыть файл в формате PDB

Формат PDB может быть нескольких основных модификаций:

Данный формат может быть присвоен как файлам, содержащим набор структурированных данных, так и обычным программным приложениям, которые прошли процесс синхронизации на базе ОС Palm. По своей сути, расширение PDB – репозиторий, которое может содержать практически любой тип данных: текстовый документ, исполнительную программу, файл базы данных и.т.д. Отличить тип внутреннего формата файла ОС Palm позволяет уникальный заголовок в виде специального кода. В качестве PDB формата могут выступать даже электронные справочники (чаще всего MOBI).

Форматирование PDB расширения поддерживается только на базе “родной” ОС Palm, однако воспроизвести его на платформе другой операционной системы можно с использованием некоторых браузеров, самыми популярными среди которых являются XnView и Palm Desktop. Допускается и сетевая загрузка PDB файла посредством специализированных Интернет-ресурсов.

Основное практическое назначение данного формата – это хранение и обмен данными между пользователем и международным реестром Protein Data Bank.

PDB файлы доступны для визуализации, форматирования и графического наполнения с использованием целого ряда специализированных программных комплексов молекулярного анализа, например, Avogadro или Richardson Lab KiNG.

Программы для открытия PDB файлов

В зависимости от своего практического назначения и конкретной модификации, PDB расширение может быть сгенерировано и открыто для редактирования с использованием следующих программных комплексов:

Для случаев, когда PDB файл представляет собой файл базы данных, ассоциирующийся с платформой Palm OS, можно воспользоваться следующими программными утилитами:

Примечательно, что расширение адаптировано и для использования на платформе Linux c помощью программных приложений txt2pdbdoc и XnView.

Когда PDB файл применяется в качестве “Базы данных протеинов и белков”, могут быть использованы следующие утилиты:

Следует отметить, что расширение может использоваться и на платформе Linux c помощью целого комплекса программных приложений, включая Mozilla Firefox with JmolApplet or Protein Workshop applet, Richardson Lab KiNG, RasMol, Jmol и Avogadro.

Если PDB формат относится к категории файлов Program Database (файлы базы данных), то для редактирования файла в ОС Windows можно использовать программы Intuit Quicken, Microsoft Visual Studio 2010 и Mint.com.

Редактирование PDB файлов поддерживается и на базе ОС Mac с помощью Mint.com и Intuit Quicken Essentials for Mac.

Для случаев, когда PDB расширение ассоциируется с категорией файлов резервной копии базы данных, воспроизвести файл на платформе ОС Windows можно с помощью программного комплекса Sybase PowerDesigner.

Если при открытии расширения PDB возникает ошибка, причины могут заключаться в следующем:

Конвертация PDB в другие форматы

Несмотря на то, что PDB расширение имеет большое число самых разнообразных исполнений и модификаций, его конвертация в другие форматы поддерживается только в ряде случаев, в частности, когда PDB файл представляет собой файл базы данных, ассоциирующийся с платформой Palm OS.

С помощью интегрированных в Richardson Lab KiNG, Jmol и Avogadro конвертеров будет доступна трансляция данных:

Для того чтобы транслировать данные из PDB, можно воспользоваться одним из онлайн-конвертеров, например, Onlineconvertfree.

Во всех остальных случаях преобразование формата не поддерживается. Попытки конвертации расширения в другой формат могут не только не дать никаких практических результатов, но и повредить исходный файл.

Почему именно PDB и в чем его достоинства?

Приходится констатировать, что PDB-расширение не является столь популярным и востребованным форматом среди обычных пользователей. Однако формат может быть востребован в нескольких узкоспециализированных областях.Он широко используется в качестве:

Стандартный формат данных, используемый несколькими различными программами на устройствах PDA на основе Palm. Может хранить различные типы данных, такие как электронные книги, документы обработки текста, крупноформатные таблицы, базы данных, карты и файлы изображений.

Чтобы определить, в какой программы был создан файл PDB, откройте его в текстовом редакторе. Коды Типа и Создателя должны размещаться в заголовке файла вверху документа.

Чем открыть файл в формате PDB (Palm Desktop Database File)

Источник

Чем открыть pdb

Название формата Файл базы данных Palm Desktop

Оригинальное название Palm Desktop Database File

Разработчик: Palm

Описание расширения

В таких файлах может храниться различная информация: электронные книги, статьи, базы данных, изображения, карты и т.д.

Формат поддерживает различные написания шрифтов (жирный, курсивный, подчеркнутый, зачеркнутый и др.) и форматирование текста (слева, справа, по центру).

Чем открыть PDB Palm Desktop

Mobipocket Reader

XnView

Calibre

Формат pdb, вариант 2:

Название формата Файл базы данных

Оригинальное название Program Database File

Разработчик: Нет данных

Описание расширения

Такой файл базы данных может использоваться различными приложениями, такими как MS Visual Studio, Pegasus, Quicken, Palm Pilot.

Данные хранятся в структурированном виде. PDB-файлы, как правило, сохраняются в собственном формате, то есть они могут быть открыты только соответствующей программой.

Так, Pegasus не распознает PDB-файл от Microsoft Visual Studio.

Чем открыть PDB Microsoft Visual Studio

Формат pdb, вариант 3:

Название формата Данные молекул белков и нуклеиновых кислот

Оригинальное название Protein Data Bank File

Разработчик: wwPDB

Описание расширения

Файл данных в формате Protein Data Bank (PDB). Содержит 3D-координаты, определяющие структуру атомов внутри белка или другого химического соединения, используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур.

Protein Data Bank — банк данных 3D структур белков и нуклеиновых кислот. Информация, полученная методами рентгеновской кристаллографии или ЯМР-спектроскопии, вносится в базу данных биологами и биохимиками со всего мира, и доступна бесплатно через интернет.

PDB является один из важнейших ресурсов для учёных, работающих в области структурной биологии. Большинство научных журналов и некоторые фонды финансирования исследований требуют от авторов статей и получателей грантов, чтобы все структурные данные были размещены в PDB.

Открыть PDB-файл помогут специализированные программы, например бесплатная программа QuteMol позволяет открывать и просматривать файлы с расширением *.pdb и *.vdb.

Формат pdb, вариант 4:

Название формата Резервная копия базы данных PowerDesigner

Оригинальное название PowerDesigner Database Backup File

Разработчик: Sybase

Описание расширения

Включает в себя как данные из базы данных, так и ссылки на другие файлы. Создается в качестве резервной базы на случай восстановления основной.

В нем сочетаются возможности моделирования UML-объектов с возможностями традиционного проектирования баз данных и анализа.

Не нашли описания?

Напишите. Оно обязательно появится на сайте.

Популярные расширения

Распространенный формат для документов старых версий Microsoft Word

Видео, записанное в формате QuickTime (Apple)

Аудио, кодированное без потери качества. Есть поддержка тегов.

Образ CD или DVD диска, служит для создания копий дисков.

Расширение векторного изображения CorelDRAW.

Популярные программы

Простой и многофункциональный видеопроигрыватель

Пожалуй, лучший бесплатный медиа-проигрыватель

Очень удобная программа-просмотрщик графики с огромным набором функций

Наиболее популярный векторный графический пакет

Самый быстрый и один из лучших иинтернет-браузеров

Источник

.pdb Расширение файла

Тип файла1 Program Database

This file is saved in a binary format, which requires a specific program to read its contents.

Что такое PDB файл?

Файлы PDB, используемые различными программами, обычно сохраняются в проприетарном формате, то есть они могут быть открыты только программой, с которой они были установлены. Например, файл Intuit Quicken PDB не распознается Microsoft Visual Studio.

Visual Studio использует файлы PDB для хранения отладочной информации о программе, включая информацию о символах, которая слишком велика для хранения в программе сам. Информация о символе состоит из списка всех символов в программном модуле с адресами, именем файла и линией, в которой был объявлен символ. Вы можете использовать Visual Studio для загрузки информации из файла PDB для отладки программы.

Тип файла2 Protein Data Bank File

This file is saved in a binary format, which requires a specific program to read its contents.

.PDB вариант № 2

Файл данных, созданный в формате банка белков (PDB); хранит 3D-координаты, определяющие структуру атомов в белке или другом химическом соединении; используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур; также используется Исследовательской коллегией для структурной биоинформатики (RCSB) для изучения биологических макромолекул.

Многие файлы банка данных протеина доступны через Всемирный банк данных о белках (wwPDB), организации, которая архивирует макромолекулы и свободно распространяет их.

ПРИМЕЧАНИЕ. Файлы PDB часто просматриваются в пределах Java-апплет, который использует Jmol, пакет визуализации молекул с открытым исходным кодом. Файлы PDB также поддерживаются некоторыми плагинами браузера молекулярного просмотра.

Источник

PDB — это не только ценный мех

Представьте себе, вам необходимо доработать некую очень полезную программу без SDK, но по счастливому стечению обстоятельств рядом завалялся PDB файл.

(Беременным и детям не читать!)

Скажу сразу, выход есть (Ваш КО). То что комитет не в состоянии осилить десятками лет (рефлексия не нужна), ужасный M$ разработал/раздобыл 100 лет назад, а именно DIA SDK. В комплекте есть DIA2Dump.exe который порадует глаз любого художника. Остается доработать его напильником…

Для начала нам нужны кошечки.

Автор своими кривыми ручками немного доработал DIA2Dump (pdb-ripper на гитхабе, Achtung г*вн*код. ) и теперь он выдает кое-что пригодное к использованию:

Что тут интересного?

В случае вызова виртуального метода все просто, адрес уже лежит в таблице по индексу метода:

Для невиртуальных методов необходимо извлечь RVA из PDB файла и ткнуть носом компилятор:

Что такое _drva? Мы знаем только RVA (смещение) функции относительно базы, а нужен полноценный виртуальный адрес:

Зачем xcast? Методы в плюсах вызываются по __thiscall и необходимо доступно объяснить компилятору кто тут самый умный. По факту кастуем void* в указатель на метод, this передается скрыто первым параметром:

Далее нужно внедрить наш собственный код в процесс victim.exe используя стандартные техники которые тут обсуждаться не будут. Смысл один — некий код будет выполнен в адресном пространстве victim.exe.

Остается хукнуть удобный метод/функцию где есть доступ к нужным объектам… Или найти глобальные переменные 😀

Как эта фигня используется в реальности:

Далее автор упоролся по хардкору и решил не просто доработать некую очень полезную программу, а отреверсить ее полностью 😀

Источник

PDB Расширение файла.

Что такое файл PDB??

Visual Studio использует файлы PDB для хранения отладочной информации о программе, включая информацию о символах, которая слишком велика для хранения в программе. сам. Информация о символах состоит из списка всех символов в программном модуле с адресами, именем файла и строкой, в которой был объявлен символ. Вы можете использовать Visual Studio для загрузки информации из файла PDB для отладки программы.

Тип файла 2 Файл банка данных белка.

Файл данных, созданный в формате Protein Data Bank (PDB); хранит трехмерные координаты, определяющие структуру атомов в белке или другом химическом соединении; используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур; также используется Коллаборацией по исследованию структурной биоинформатики (RCSB) для изучения биологических макромолекул.

Многие файлы банка протеиновых данных доступны через Всемирный банк протеиновых данных (wwPDB), организацию, которая архивирует макромолекулы и свободно их распространяет.

ПРИМЕЧАНИЕ: файлы PDB часто просматриваются в апплете Java, использующем Jmol, пакет визуализации молекул с открытым исходным кодом. Файлы PDB также поддерживаются некоторыми подключаемыми модулями браузера для молекулярного просмотра.

Windows

Mac

Linux

Тип файла 2 Файл банка данных белка.

Файл данных, созданный в формате Protein Data Bank (PDB); хранит трехмерные координаты, определяющие структуру атомов в белке или другом химическом соединении; используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур; также используется Коллаборацией по исследованию структурной биоинформатики (RCSB) для изучения биологических макромолекул.

Многие файлы банка протеиновых данных доступны через Всемирный банк протеиновых данных (wwPDB), организацию, которая архивирует макромолекулы и свободно их распространяет.

ПРИМЕЧАНИЕ: файлы PDB часто просматриваются в апплете Java, использующем Jmol, пакет визуализации молекул с открытым исходным кодом. Файлы PDB также поддерживаются некоторыми подключаемыми модулями браузера для молекулярного просмотра.

Тип файла 3 Tanida Demo Builder Файл.

Тип файла 2 Файл банка данных белка.

Файл данных, созданный в формате Protein Data Bank (PDB); хранит трехмерные координаты, определяющие структуру атомов в белке или другом химическом соединении; используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур; также используется Коллаборацией по исследованию структурной биоинформатики (RCSB) для изучения биологических макромолекул.

Многие файлы банка протеиновых данных доступны через Всемирный банк протеиновых данных (wwPDB), организацию, которая архивирует макромолекулы и свободно их распространяет.

ПРИМЕЧАНИЕ: файлы PDB часто просматриваются в апплете Java, использующем Jmol, пакет визуализации молекул с открытым исходным кодом. Файлы PDB также поддерживаются некоторыми подключаемыми модулями браузера для молекулярного просмотра.

Тип файла 3 Tanida Demo Builder Файл.

Windows

Mac

Тип файла 2 Файл банка данных белка.

Файл данных, созданный в формате Protein Data Bank (PDB); хранит трехмерные координаты, определяющие структуру атомов в белке или другом химическом соединении; используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур; также используется Коллаборацией по исследованию структурной биоинформатики (RCSB) для изучения биологических макромолекул.

Многие файлы банка протеиновых данных доступны через Всемирный банк протеиновых данных (wwPDB), организацию, которая архивирует макромолекулы и свободно их распространяет.

ПРИМЕЧАНИЕ: файлы PDB часто просматриваются в апплете Java, использующем Jmol, пакет визуализации молекул с открытым исходным кодом. Файлы PDB также поддерживаются некоторыми подключаемыми модулями браузера для молекулярного просмотра.

Источник