Формат pdb что это такое

Файлы формата PDB открываются специальными программами. Существует 4 типа форматов PDB, каждый из которых открывается разными программами. Чтобы открыть нужный тип формата, изучите описания файлов и скачайте одну из предложенных программ.

Чем открыть файл в формате PDB

Формат PDB может быть нескольких основных модификаций:

Данный формат может быть присвоен как файлам, содержащим набор структурированных данных, так и обычным программным приложениям, которые прошли процесс синхронизации на базе ОС Palm. По своей сути, расширение PDB – репозиторий, которое может содержать практически любой тип данных: текстовый документ, исполнительную программу, файл базы данных и.т.д. Отличить тип внутреннего формата файла ОС Palm позволяет уникальный заголовок в виде специального кода. В качестве PDB формата могут выступать даже электронные справочники (чаще всего MOBI).

Форматирование PDB расширения поддерживается только на базе “родной” ОС Palm, однако воспроизвести его на платформе другой операционной системы можно с использованием некоторых браузеров, самыми популярными среди которых являются XnView и Palm Desktop. Допускается и сетевая загрузка PDB файла посредством специализированных Интернет-ресурсов.

Основное практическое назначение данного формата – это хранение и обмен данными между пользователем и международным реестром Protein Data Bank.

PDB файлы доступны для визуализации, форматирования и графического наполнения с использованием целого ряда специализированных программных комплексов молекулярного анализа, например, Avogadro или Richardson Lab KiNG.

Программы для открытия PDB файлов

В зависимости от своего практического назначения и конкретной модификации, PDB расширение может быть сгенерировано и открыто для редактирования с использованием следующих программных комплексов:

Для случаев, когда PDB файл представляет собой файл базы данных, ассоциирующийся с платформой Palm OS, можно воспользоваться следующими программными утилитами:

Примечательно, что расширение адаптировано и для использования на платформе Linux c помощью программных приложений txt2pdbdoc и XnView.

Когда PDB файл применяется в качестве “Базы данных протеинов и белков”, могут быть использованы следующие утилиты:

Следует отметить, что расширение может использоваться и на платформе Linux c помощью целого комплекса программных приложений, включая Mozilla Firefox with JmolApplet or Protein Workshop applet, Richardson Lab KiNG, RasMol, Jmol и Avogadro.

Если PDB формат относится к категории файлов Program Database (файлы базы данных), то для редактирования файла в ОС Windows можно использовать программы Intuit Quicken, Microsoft Visual Studio 2010 и Mint.com.

Редактирование PDB файлов поддерживается и на базе ОС Mac с помощью Mint.com и Intuit Quicken Essentials for Mac.

Для случаев, когда PDB расширение ассоциируется с категорией файлов резервной копии базы данных, воспроизвести файл на платформе ОС Windows можно с помощью программного комплекса Sybase PowerDesigner.

Если при открытии расширения PDB возникает ошибка, причины могут заключаться в следующем:

Конвертация PDB в другие форматы

Несмотря на то, что PDB расширение имеет большое число самых разнообразных исполнений и модификаций, его конвертация в другие форматы поддерживается только в ряде случаев, в частности, когда PDB файл представляет собой файл базы данных, ассоциирующийся с платформой Palm OS.

С помощью интегрированных в Richardson Lab KiNG, Jmol и Avogadro конвертеров будет доступна трансляция данных:

Для того чтобы транслировать данные из PDB, можно воспользоваться одним из онлайн-конвертеров, например, Onlineconvertfree.

Во всех остальных случаях преобразование формата не поддерживается. Попытки конвертации расширения в другой формат могут не только не дать никаких практических результатов, но и повредить исходный файл.

Почему именно PDB и в чем его достоинства?

Приходится констатировать, что PDB-расширение не является столь популярным и востребованным форматом среди обычных пользователей. Однако формат может быть востребован в нескольких узкоспециализированных областях.Он широко используется в качестве:

Стандартный формат данных, используемый несколькими различными программами на устройствах PDA на основе Palm. Может хранить различные типы данных, такие как электронные книги, документы обработки текста, крупноформатные таблицы, базы данных, карты и файлы изображений.

Чтобы определить, в какой программы был создан файл PDB, откройте его в текстовом редакторе. Коды Типа и Создателя должны размещаться в заголовке файла вверху документа.

Чем открыть файл в формате PDB (Palm Desktop Database File)

Источник

Чем открыть pdb

Название формата Файл базы данных Palm Desktop

Оригинальное название Palm Desktop Database File

Разработчик: Palm

Описание расширения

В таких файлах может храниться различная информация: электронные книги, статьи, базы данных, изображения, карты и т.д.

Формат поддерживает различные написания шрифтов (жирный, курсивный, подчеркнутый, зачеркнутый и др.) и форматирование текста (слева, справа, по центру).

Чем открыть PDB Palm Desktop

Mobipocket Reader

XnView

Calibre

Формат pdb, вариант 2:

Название формата Файл базы данных

Оригинальное название Program Database File

Разработчик: Нет данных

Описание расширения

Такой файл базы данных может использоваться различными приложениями, такими как MS Visual Studio, Pegasus, Quicken, Palm Pilot.

Данные хранятся в структурированном виде. PDB-файлы, как правило, сохраняются в собственном формате, то есть они могут быть открыты только соответствующей программой.

Так, Pegasus не распознает PDB-файл от Microsoft Visual Studio.

Чем открыть PDB Microsoft Visual Studio

Формат pdb, вариант 3:

Название формата Данные молекул белков и нуклеиновых кислот

Оригинальное название Protein Data Bank File

Разработчик: wwPDB

Описание расширения

Файл данных в формате Protein Data Bank (PDB). Содержит 3D-координаты, определяющие структуру атомов внутри белка или другого химического соединения, используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур.

Protein Data Bank — банк данных 3D структур белков и нуклеиновых кислот. Информация, полученная методами рентгеновской кристаллографии или ЯМР-спектроскопии, вносится в базу данных биологами и биохимиками со всего мира, и доступна бесплатно через интернет.

PDB является один из важнейших ресурсов для учёных, работающих в области структурной биологии. Большинство научных журналов и некоторые фонды финансирования исследований требуют от авторов статей и получателей грантов, чтобы все структурные данные были размещены в PDB.

Открыть PDB-файл помогут специализированные программы, например бесплатная программа QuteMol позволяет открывать и просматривать файлы с расширением *.pdb и *.vdb.

Формат pdb, вариант 4:

Название формата Резервная копия базы данных PowerDesigner

Оригинальное название PowerDesigner Database Backup File

Разработчик: Sybase

Описание расширения

Включает в себя как данные из базы данных, так и ссылки на другие файлы. Создается в качестве резервной базы на случай восстановления основной.

В нем сочетаются возможности моделирования UML-объектов с возможностями традиционного проектирования баз данных и анализа.

Не нашли описания?

Напишите. Оно обязательно появится на сайте.

Популярные расширения

Распространенный формат для документов старых версий Microsoft Word

Видео, записанное в формате QuickTime (Apple)

Аудио, кодированное без потери качества. Есть поддержка тегов.

Образ CD или DVD диска, служит для создания копий дисков.

Расширение векторного изображения CorelDRAW.

Популярные программы

Простой и многофункциональный видеопроигрыватель

Пожалуй, лучший бесплатный медиа-проигрыватель

Очень удобная программа-просмотрщик графики с огромным набором функций

Наиболее популярный векторный графический пакет

Самый быстрый и один из лучших иинтернет-браузеров

Источник

.pdb Расширение файла

Тип файла1 Program Database

This file is saved in a binary format, which requires a specific program to read its contents.

Что такое PDB файл?

Файлы PDB, используемые различными программами, обычно сохраняются в проприетарном формате, то есть они могут быть открыты только программой, с которой они были установлены. Например, файл Intuit Quicken PDB не распознается Microsoft Visual Studio.

Visual Studio использует файлы PDB для хранения отладочной информации о программе, включая информацию о символах, которая слишком велика для хранения в программе сам. Информация о символе состоит из списка всех символов в программном модуле с адресами, именем файла и линией, в которой был объявлен символ. Вы можете использовать Visual Studio для загрузки информации из файла PDB для отладки программы.

Тип файла2 Protein Data Bank File

This file is saved in a binary format, which requires a specific program to read its contents.

.PDB вариант № 2

Файл данных, созданный в формате банка белков (PDB); хранит 3D-координаты, определяющие структуру атомов в белке или другом химическом соединении; используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур; также используется Исследовательской коллегией для структурной биоинформатики (RCSB) для изучения биологических макромолекул.

Многие файлы банка данных протеина доступны через Всемирный банк данных о белках (wwPDB), организации, которая архивирует макромолекулы и свободно распространяет их.

ПРИМЕЧАНИЕ. Файлы PDB часто просматриваются в пределах Java-апплет, который использует Jmol, пакет визуализации молекул с открытым исходным кодом. Файлы PDB также поддерживаются некоторыми плагинами браузера молекулярного просмотра.

Источник

PDB — это не только ценный мех

Формат pdb что это такое. Смотреть фото Формат pdb что это такое. Смотреть картинку Формат pdb что это такое. Картинка про Формат pdb что это такое. Фото Формат pdb что это такое

Представьте себе, вам необходимо доработать некую очень полезную программу без SDK, но по счастливому стечению обстоятельств рядом завалялся PDB файл.

(Беременным и детям не читать!)

Скажу сразу, выход есть (Ваш КО). То что комитет не в состоянии осилить десятками лет (рефлексия не нужна), ужасный M$ разработал/раздобыл 100 лет назад, а именно DIA SDK. В комплекте есть DIA2Dump.exe который порадует глаз любого художника. Остается доработать его напильником…

Для начала нам нужны кошечки.

Автор своими кривыми ручками немного доработал DIA2Dump (pdb-ripper на гитхабе, Achtung г*вн*код. ) и теперь он выдает кое-что пригодное к использованию:

Что тут интересного?

В случае вызова виртуального метода все просто, адрес уже лежит в таблице по индексу метода:

Для невиртуальных методов необходимо извлечь RVA из PDB файла и ткнуть носом компилятор:

Что такое _drva? Мы знаем только RVA (смещение) функции относительно базы, а нужен полноценный виртуальный адрес:

Зачем xcast? Методы в плюсах вызываются по __thiscall и необходимо доступно объяснить компилятору кто тут самый умный. По факту кастуем void* в указатель на метод, this передается скрыто первым параметром:

Далее нужно внедрить наш собственный код в процесс victim.exe используя стандартные техники которые тут обсуждаться не будут. Смысл один — некий код будет выполнен в адресном пространстве victim.exe.

Остается хукнуть удобный метод/функцию где есть доступ к нужным объектам… Или найти глобальные переменные 😀

Как эта фигня используется в реальности:

Далее автор упоролся по хардкору и решил не просто доработать некую очень полезную программу, а отреверсить ее полностью 😀

Источник

PDB Расширение файла.

Что такое файл PDB??

Visual Studio использует файлы PDB для хранения отладочной информации о программе, включая информацию о символах, которая слишком велика для хранения в программе. сам. Информация о символах состоит из списка всех символов в программном модуле с адресами, именем файла и строкой, в которой был объявлен символ. Вы можете использовать Visual Studio для загрузки информации из файла PDB для отладки программы.

Тип файла 2 Файл банка данных белка.

Файл данных, созданный в формате Protein Data Bank (PDB); хранит трехмерные координаты, определяющие структуру атомов в белке или другом химическом соединении; используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур; также используется Коллаборацией по исследованию структурной биоинформатики (RCSB) для изучения биологических макромолекул.

Многие файлы банка протеиновых данных доступны через Всемирный банк протеиновых данных (wwPDB), организацию, которая архивирует макромолекулы и свободно их распространяет.

ПРИМЕЧАНИЕ: файлы PDB часто просматриваются в апплете Java, использующем Jmol, пакет визуализации молекул с открытым исходным кодом. Файлы PDB также поддерживаются некоторыми подключаемыми модулями браузера для молекулярного просмотра.

Windows

Avogadro
Jmol
RasMol
Microsoft Internet Explorer with JmolApplet or Protein Workshop applet
Agile Molecule Abalone
Agile Molecule Ascalaph

Mac

Avogadro
Jmol
Apple Safari with JmolApplet or Protein Workshop applet

Linux

Avogadro
Jmol
RasMol
Mozilla Firefox with JmolApplet or Protein Workshop applet

Тип файла 2 Файл банка данных белка.

Файл данных, созданный в формате Protein Data Bank (PDB); хранит трехмерные координаты, определяющие структуру атомов в белке или другом химическом соединении; используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур; также используется Коллаборацией по исследованию структурной биоинформатики (RCSB) для изучения биологических макромолекул.

Многие файлы банка протеиновых данных доступны через Всемирный банк протеиновых данных (wwPDB), организацию, которая архивирует макромолекулы и свободно их распространяет.

ПРИМЕЧАНИЕ: файлы PDB часто просматриваются в апплете Java, использующем Jmol, пакет визуализации молекул с открытым исходным кодом. Файлы PDB также поддерживаются некоторыми подключаемыми модулями браузера для молекулярного просмотра.

Тип файла 3 Tanida Demo Builder Файл.

Тип файла 2 Файл банка данных белка.

Файл данных, созданный в формате Protein Data Bank (PDB); хранит трехмерные координаты, определяющие структуру атомов в белке или другом химическом соединении; используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур; также используется Коллаборацией по исследованию структурной биоинформатики (RCSB) для изучения биологических макромолекул.

Многие файлы банка протеиновых данных доступны через Всемирный банк протеиновых данных (wwPDB), организацию, которая архивирует макромолекулы и свободно их распространяет.

ПРИМЕЧАНИЕ: файлы PDB часто просматриваются в апплете Java, использующем Jmol, пакет визуализации молекул с открытым исходным кодом. Файлы PDB также поддерживаются некоторыми подключаемыми модулями браузера для молекулярного просмотра.

Тип файла 3 Tanida Demo Builder Файл.

Windows

Palm Desktop
Fictionwise eReader
LLUSoft PDB Explorer
DC & Co iSilo
XnViewMP

Mac

Planamesa NeoOffice
Fictionwise eReader
Lemkesoft GraphicConverter
PorDiBle
txt2pdbdoc
XnViewMP

Тип файла 2 Файл банка данных белка.

Файл данных, созданный в формате Protein Data Bank (PDB); хранит трехмерные координаты, определяющие структуру атомов в белке или другом химическом соединении; используется в качестве стандартного формата для изучения белковых структур; также используется Коллаборацией по исследованию структурной биоинформатики (RCSB) для изучения биологических макромолекул.

Многие файлы банка протеиновых данных доступны через Всемирный банк протеиновых данных (wwPDB), организацию, которая архивирует макромолекулы и свободно их распространяет.

ПРИМЕЧАНИЕ: файлы PDB часто просматриваются в апплете Java, использующем Jmol, пакет визуализации молекул с открытым исходным кодом. Файлы PDB также поддерживаются некоторыми подключаемыми модулями браузера для молекулярного просмотра.

Источник

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *